本发明涉及棉花耐盐分子生物学领域,特别涉及基因GhNHX4A在植物耐盐性能方面的应用,基因GhNHX4A具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列。本发明通过筛选和鉴定陆地棉NHX基因家族,使用生物信息学方法对其进行分析,而且表达模式分析发现盐胁迫在一定程度上诱导了陆地棉大部分NHX基因的表达,包括核内体型亚家族成员GhNHX4A。经试验验证,GhNHX4A可以明显恢复酵母突变体的耐盐性。亚细胞定位的结果表明,GhNHX4A蛋白定位在核内体上。同时,GhNHX4A基因的沉默严重破坏了棉花对盐胁迫的基本抗性,表明GhNHX4A基因可能在棉花的耐盐信号通路中发挥积极的调控作用。