本发明属于农作物生物技术领域,具体涉及水稻抗稻瘟病基因Pi2的分子标记及其应用。所述分子标记基于核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的特异性插入/缺失位点多态。两个分子标记是针对Pi2功能基因两侧紧密连锁区间开发的共显性分子标记,具有准确性高、可广泛应用于不同育种亲本的优点。通过检测两个分子标记,可以准确判断所检测水稻材料是否具有抗病基因Pi2。利用分子标记组合,能够准确检测Pi2功能基因亲本与其它亲本的杂交转育后代植株基因组中是否含有Pi2功能基因以及其纯合状态,提高选育含有Pi2功能基因抗稻瘟病水稻品种的效率。