与桃抗蚜基因紧密连锁的SNP分子标记的应用,所述分子标记为KyHRM‑17‑45.71和KyHRM‑3‑46.12,分别位于桃基因组(Version 2.0)Scaffold 1的45.713Mb和46.121Mb处,其中KyHRM‑17‑45.71的等位基因为T和G,序列如SEQ ID NO.1所示,KyHRM‑3‑46.12的等位基因为C和G,序列如SEQ ID NO.2所示。本发明采用基于SNP的第三代标记技术,结合构建的分离杂交群体,采用图位克隆的方法,对桃抗蚜的基因进行了精细定位,在精细定位区域内,开发稳定的、共显性和多态性的SNP标记,以获得与目标性状紧密连锁的标记。