本发明公开了一种控制三百草叶片颜色转变的基因ScPEL及其应用。该基因CDS序列如SEQ ID NO.1所示。含有所述的基因ScPEL的重组表达载体。本发明所述的基因ScPEL在调节植物叶片颜色转变中的应用。本发明通过对不同颜色的三百草叶片进行转录组测序,筛选出了在白色苞片中特异性表达的基因PEL(Pseudo‑etiolation in Light),将该基因在NCBI中进行同源性比对,未发现同源基因,提示ScPEL可能存在功能的特异性。通过设计引物克隆到基因ScPEL,CDS序列如SEQ ID NO.1所示,经功能验证发现该基能够控制三百草叶片颜色转变,为三白草中首次报道。