Disclosed herein are compositions for linking a DNA binding domain and a cleavage domain (or cleavage half-domain) to form a non-naturally occurring nuclease having an alternative structure. Methods for making and using compositions containing these linkers are also described. A DNA binding domain, a wild type or engineered cleavage domain, and an amino acid linker between the DNA binding domain and the cleavage domain, wherein the linker is as shown in any of SEQ ID NOs: 6-281 A fusion molecule comprising a sequence.ＤＮＡ結合ドメインと切断ドメイン（または切断ハーフドメイン）とを連結することにより、代替的な構造を有する天然に存在しないヌクレアーゼを形成するための組成物が、本明細書中に開示される。これらのリンカーを含む組成物を作製および使用する方法も記載される。ＤＮＡ結合ドメイン、野生型または操作された切断ドメイン、および該ＤＮＡ結合ドメインと該切断ドメインとの間のアミノ酸リンカーを含み、該リンカーが、配列番号６～２８１のいずれかに示されているとおりの配列を含む、融合分子。
