The present invention relates to a method for preparing induced pluripotent stem cells (iPSC) and embryonic stem cells (ESC), both the cells having a reduced expression level of HLA, which is a cause of immune rejection upon transplantation of cells, tissues, and organs, a method for preparing mesenchymal stem cells (MSC) by using the novel differentiation method of iPSC, and a cell therapy product using the iPSC, ESC, and/or MSC. Using the HLA gene-deleted MSC prepared in the present invention, various kinds of cells that do not cause immune rejection can be prepared, and they can be used for therapeutic purposes in future.L'invention concerne un procédé de préparation de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) et de cellules souches embryonnaires (ESC), toutes les cellules ayant un taux d'expression réduit de HLA, qui est une cause de rejet immunitaire lors d'une transplantation de cellules, de tissus et d'organes, un procédé de préparation de cellules souches mésenchymateuses (MSC) à l'aide du nouveau procédé de différenciation d'iPSC et un produit de thérapie cellulaire utilisant les iPSC, les ESC et/ou les MSC. À l'aide des MSC à gène HLA supprimé préparées dans la présente invention, divers types de cellules qui ne provoquent pas de rejet immunitaire peuvent être préparées et elles peuvent être utilisées à des fins thérapeutiques dans le futur.본 발명은 세포, 조직, 장기이식 시 면역거부반응의 원인인 HLA의 발현 수준이 감소된 유도만능줄기세포(iPSC) 및 배아줄기세포(ESC)의 제조 방법과, 상기 iPSC의 새로운 분화 방법을 이용한 중간엽 줄기세포(MSC)의 제조 방법, 및 상기 iPSC, ESC 및/또는 MSC를 이용한 세포 치료제에 관한 것으로, 본 발명에서 제조한 HLA 유전자가 제거된 MSC를 이용하여 면역 거부 반응을 일으키지 않는 다양한 종류의 세포를 제조할 수 있으며, 이를 향후 치료목적으로 활용할 수 있다.