本发明公开了耐热中性纤维素酶Cel6C及其编码基因和应用。本发明从特异腐质霉中分离得到耐热中性纤维素酶编码基因,其核苷酸序列为SEQ ID No.3所示,所编码的氨基酸序列为SEQ ID No.4所示;本发明进一步提供了成熟耐热中性纤维素酶,其氨基酸序列为SEQ ID No.2所示,其编码的核苷酸序列为SEQ ID No.1所示。本发明还公开了含有所述编码基因的重组表达载体和重组宿主细胞。本发明耐热中性纤维素酶热稳定性优良,在中性和碱性范围内具有较高酶活力,可高效降解纤维素、半纤维素、地衣多糖、羧甲基纤维素钠、大分子多糖、蛋白质或脂类等物质,能够应用于酿酒、纺织、能源工业等领域。