胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究

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作   者：

颜南;  王润新;  王正东;  刘洪;  张珉;  张忠; 

作者机构：

沈阳医学院计算机与数理基础教学部;  沈阳医学院基础医学院;  沈阳医学院;  沈阳医学院康复教研室; 

关键词：

差异表达基因;  胃癌;  基因芯片;  生物信息学分析; 

期刊名称：

中国医科大学学报

i s s n：

0258-4646

年卷期：

2022 年 51 卷 004 期

页   码：

329-335

摘   要：

目的 筛选影响胃癌发生发展过程的相关基因及其通路,以探讨其发病机制.方法 从基因表达数据库(GEO)中筛选数据集,利用GEO2R分析胃癌组织和正常组织中显著差异表达基因.使用Bio venn获得两数据集共有差异基因,将胃癌两GEO芯片共有差异表达基因数据与癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选出的差异表达基因进行交集,并对其进行功能注释、KEGG富集、筛选核心互作基因,Kaplan-Meier plotter分析核心互作基因总体生存率.结果 从GSE55696和GSE79973芯片中筛选出27个共有差异基因,与TCGA-STAD中有交集的差异表达基因有17个.涉及亨利恒等循环、葡萄糖的跨膜转运、胰岛素分泌的负调节和胆固醇生物合成等生物过程.主要存在于细胞外空隙、分泌颗粒内腔中,富集在金属羧肽酶活性功能方面.涉及PPAR信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等39个通路,3个基因富集PPAR信号通路,7个基因互作关系较强,4个高表达基因生存曲线明显预后较差.结论 核心基因SLC2A2、HMGCS2、APOA1、KNG1和PPAR信号通路可能是胃癌发生发展过程中的关键因素.