广东及周边省份猪繁殖与呼吸综合征病毒2型谱系8毒株变异规律和传播研究

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作   者：

康溥;  任照文;  蔡汝健;  吕宗吉;  黄育浩;  王晓虎; 

作者机构：

广东省农业科学院动物卫生研究所广东省畜禽疫病防治研究重点实验室广东省动物疫病野外科学观测研究站;  佛山科学技术学院;  广东省东莞市动物疫病预防控制中心; 

关键词：

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）;  系统地理学;  贝叶斯系统动力学;  分子流行病学; 

期刊名称：

中国畜牧兽医

i s s n：

年卷期：

2023 年 005 期

页   码：

2001-2011

摘   要：

【目的】使用贝叶斯系统动力学方法重建猪繁殖与呼吸综合征病毒2型（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus 2,PRRSV-2）谱系8毒株在广东、广西、湖南、江西和福建5个省份间的传播及遗传演化规律，为猪繁殖与呼吸综合征（Porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS）的针对性防控提供参考。【方法】本研究对来自上述5省所有可用的PRRSV-2的ORF5序列进行系统发育分析，选取其中的谱系8毒株，剔除重组序列及可疑序列。将空间数据结合病原体的进化与流行病学特征进行分析，利用BEAST及相关软件计算病毒的共同祖先、核苷酸替代速率及不同地理位置间可能的传播方向和迁移速率等。【结果】系统发育分析显示，南方5省猪群中流行的PRRSV-2被分为4个谱系，其中154株被鉴定为谱系8毒株。在剔除1株重组毒株和3株可疑毒株后，来自上述5省的谱系8毒株ORF5序列具有强烈的时间信号，且最佳拟合模型为GTR+I+G。贝叶斯系统动力学分析表明，5省间谱系8毒株具有2.748×10-3核苷酸替换/位点/年(95%HPD:2.053×10-3～3.428×10-3)的核苷酸替代速率，它们的最近共同祖先可能出现在2002年（95%HPD:1998-2005年）。据SPREAD3计算，广西的毒株向广东（Rate=0.876）、湖南（Rate=0.892）、江西（Rate=0.883）、福建（Rate=0.889）传播，以及部分福建毒株向广西（Rate=0.897）传播。【结论】自2005年以来，广东、广西、湖南、江西和福建5省猪群中流行的PRRSV-2具有丰富的遗传多样性，其中谱系8毒株具有较高的核苷酸替代速率，且有效种群大小在2006-2007年和2009-2013年明显上升。同时，广东、广西、湖南、江西和福建5省谱系8毒株的最近共同祖先可追溯至2002年，且以广西作为潜在发源地在该地区持续传播。