小麦GASA基因家族生物信息学分析

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作   者：

吕亮杰;  陈希勇;  张业伦;  刘茜;  王莉梅;  马乐;  李辉; 

作者机构：

河北省农林科学院粮油作物研究所/河北省作物遗传育种实验室; 

关键词：

进化树;  生物信息学;  GASA;  表达谱;  小麦; 

期刊名称：

作物杂志

基金项目：

i s s n：

1001-7283

年卷期：

2018 年 06 期

页   码：

58-67

摘   要：

赤霉素调节的GASA(Gibberellic Acid-Stimulated in Arabidopsis)基因家族是植物特有的转录因子家族,在调控植物生长发育过程中起重要作用。关于小麦GASA基因家族全基因组分析的研究尚未见报道。为进一步探讨小麦GASA基因的功能,通过对小麦最新基因组数据进行分析,获得了35个TaGASA基因,命名为TaGASAs,根据染色体编号排列为TaGASA1～TaGASA35。结合公布的小麦品种Chinese Spring的基因组数据,采用生物信息学方法对其基因结构、染色体分布、蛋白结构、系统进化及表达谱进行了分析。结果表明,35个小麦TaGASA基因分布于除3A、4A、3B、3D染色体外的其余17条染色体上,基因编码长度为78～264个氨基酸的蛋白质,基因外显子数量从2个到7个不等;串联重复片段分析结果表明,片段复制和串联重复是小麦TaGASA家族基因扩张的主要模式;小麦TaGASA蛋白进化树和7种作物GASA基因的系统进化树表明,GASA基因分为4个类别,同一类之间的结构较为相似;小麦35个TaGASA基因家族成员含有10个motif,推测小麦TaGASA基因家族应都含有motif1、motif2和motif3。在13个组织器官中都检测到了35个TaGASA基因的转录本,不同组织器官中TaGASA基因的表达存在明显差异。