牦牛皱胃全长转录组测序分析

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作   者：

谢书琼;  马士龙;  唐娇;  刘益丽;  江明锋; 

作者机构：

西南民族大学; 

关键词：

全长转录组;  功能注释;  第3代测序;  牦牛;  皱胃; 

期刊名称：

中国畜牧兽医

i s s n：

1671-7236

年卷期：

2022 年 49 卷 005 期

页   码：

1610-1620

摘   要：

[目的]获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因.[方法]采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time,SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据进行质控和去冗余分析,再比对参考基因组获取过滤后的非重复序列(Unigenes),使用多种生物信息软件对牦牛皱胃全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区预测、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)分析及可变剪接分析.[结果]通过测序共获得14 467 420条子序列,平均子序列长度为3 344.23 bp,质控得到循环一致性序列(CCS)有296 840条,全长非嵌合(FLNC)序列有277 402条,过滤和去冗余后对比参考基因组最终获得8 556条Unigenes.通过与NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam数据库比对,对Unigenes进行注释,其中NR数据库注释了 8 544条Unigenes;Swiss-Prot数据库注释了 8 475条Unigenes;KEGG数据库注释了 1 721条Unigenes;KOG数据库注释了 6 572条Unigenes;eggNOG数据库注释了8 491条Unigenes;GO数据库注释了7 725条Unigenes;Pfam数据库注释了8 162条Unigenes.此外,经鉴定或预测,还获得了 943个转录因子、8 544个编码区片段、3 596个SSR位点和1 825个可变剪接事件.[结论]本研究获得了较为可靠的牦牛皱胃全长转录组数据,可为进一步研究牦牛皱胃生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持.