猪肌内脂肪沉积相关基因的筛选及其表达特性分析

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作   者：

杨帅;  史明月;  李文霞;  员佳乐;  孙迪;  路畅;  杨阳;  蔡春波;  高鹏飞;  郭晓红;  李步高;  曹果清; 

作者机构：

山西农业大学动物科学学院; 

关键词：

差异表达基因;  肌内脂肪;  RNA-Seq;  大白猪;  马身猪; 

期刊名称：

中国畜牧兽医

i s s n：

1671-7236

年卷期：

2022 年 49 卷 005 期

页   码：

1651-1661

摘   要：

[目的]通过分析马身猪和大白猪背最长肌转录组测序数据,筛选肌内脂肪沉积相关基因,并对其表达特性进行分析.[方法]采集180日龄马身猪和大白猪背最长肌,采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析;采用GeneCards在线查询基因功能,进一步筛选与肌内脂肪沉积相关的差异基因;采用实时荧光定量PCR技术检测差异基因在2个品种猪不同组织以及肌内脂肪细胞成脂分化过程中的表达变化.[结果]获得2个品种猪背最长肌差异表达基因共280个,其中128个表达显著上调,152个表达显著下调.GO功能富集分析注释到46个条目,其中生物过程24条,分子功能8条,细胞组分14条.KEGG通路分析显著富集到PPAR信号通路、MAPK信号通路和脂肪细胞因子信号等脂肪沉积相关通路.GeneCards功能查询获得TRAF2、DUSP1,ACOT4、NR4A1、SLC27A6、PLIN5共6个与脂肪沉积相关的基因.实时荧光定量PCR分析表明,马身猪和大白猪背最长肌中NR4A1、DUSP1、PLIN5基因表达量差异显著或极显著(P<0.05;P<0.01),TRAF2、ACOT4和SLC27A6基因表达量差异不显著(P>0.05),但表达变化趋势与测序结果一致;马身猪腹部皮下脂肪组织中NR4A1和PLIN5基因表达量极显著高于背部皮下脂肪组织(P<0.01),而大白猪背部皮下脂肪组织中NR4A1和DUSP1基因表达量极显著高于腹部皮下脂肪组织(P<0.01),PLIN5基因表达量显著高于腹部皮下脂肪组织(P<0.05).在背部皮下脂肪组织中,NR4A1、DUSP1和PLIN5基因在大白猪中的表达量极显著高于马身猪(P<0.01);在腹部皮下脂肪组织中,NR4A1和DUSP1基因在大白猪中的表达量显著高于马身猪(P<0.05),PLIN5基因表达量在2个品种间无显著差异(P>0.05).体外培养的猪肌内脂肪细胞分析表明,随着成脂天数的增加,NR4A1基因表达量呈下降趋势,DUSP1和PLIN5基因表达量均呈上升趋势.[结论]本研究获得了 NR4A1、DUSP1、PLIN5 3个与猪肌内脂肪沉积相关的候选基因,可为后续进一步探讨猪肌内脂肪沉积调控机制提供一定的参考.