改善病情抗风湿药物对类风湿关节炎滑膜差异表达基因的影响

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作   者：

程灵婧;  张升校;  于琦;  郑超越;  冯爽;  孔腾;  孙翔飞;  贺培凤;  卢学春; 

作者机构：

山西医科大学第二医院;  中国人民解放军总医院第二医学中心血液科;  山西医科大学医学数据科学研究院;  山西医科大学; 

关键词：

滑膜;  关节炎,类风湿;  基因表达;  抗风湿药; 

期刊名称：

中华风湿病学杂志

i s s n：

1007-7480

年卷期：

2023 年 27 卷 008 期

页   码：

541-544,后插4-后插6,封3

摘   要：

目的 本研究旨在通过生物信息学挖掘与RA滑膜中与疾病发生发展相关的差异表达基因,探讨甲氨蝶呤、托珠单抗和利妥昔单抗等DMARDs对RA滑膜差异表达基因(DEGs)的影响.方法 从公共基因芯片数据库(GEO)中获取RA表达谱芯片GSE7307、GSE12021、GSE55457、GSE55235、GSE77298、GSE89408,包括113份RA滑膜组织标本和70份健康对照(HC)滑膜组织标本.同时获得51例RA治疗前后滑膜表达谱芯片GSE45867、GSE24742、GSE97165.纳入甲氨蝶呤治疗样本8例、托珠单抗治疗样本12例、利妥昔单抗治疗样本12例和三联DMARDs联合治疗样本19例.采用R软件筛选DEGs,制作治疗前后及RA和健康对照(HC)DEGs的Venn图并进行基因本体论(GO)功能富集以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.STRING在线分析工具及Cytoscape软件进一步筛选关键基因.结果 与HC相比,RA的滑膜组织中有797个上调DEGs,434个下调DEGs,这些DEGs主要富集在淋巴细胞活化、免疫反应的正向调节等.利用Cytoscape和cytoHubba,在STRING数据库模型的基础上获得的5组差异基因,degree算法筛选出了10个hub基因,分别是LCK、SYK、PTPRC、HLA-DRA、LYN、NCAPG、TOP2A、JUN、CXCR4、CCNB1.甲氨蝶呤治疗显著上调20个DEGs,下调30个DEGs;利妥昔单抗治疗上调100个DEGs,下调55个DEGs;托珠单抗治疗上调91个DEGs,下调317个DEGs.这些差异改变的DEGs分别富集在调节细胞黏附、白细胞-细胞黏附、白细胞转移和胰岛素样生长因子受体信号通路上.值得注意的是,经过治疗,共有306个高表达的DEGs下调,36个低表达的DEGs上调.结论 LCK、胰岛素样生长因子受体信号通路等为RA发生发展以及DMARDs治疗的分子机制和关键枢纽基因,与RA对DMARDs治疗响应密切相关.