辣椒果色全基因组关联分析

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作   者：

张小微;  陈小翠;  陈仕泽;  覃成;  杨红;  唐相群;  邱化荣;  罗希榕; 

作者机构：

遵义市农业科学研究院;  贵州省农业科学院辣椒研究所;  西南科技大学环境与资源学院; 

关键词：

SNP;  候选基因;  全基因组关联分析;  果色;  辣椒; 

期刊名称：

植物遗传资源学报

i s s n：

年卷期：

2023 年 003 期

页   码：

843-853

摘   要：

辣椒果色作为辣椒重要的农艺性状直接影响辣椒商品价值，其遗传机制的解析可对辣椒果实外观品质改良提供指导。本研究利用全基因组关联分析（GWAS）挖掘辣椒果色显著关联的SΝP位点及候选基因。以195份一年生辣椒构成的自然群体为试验材料，分别在2020年和2021年调查辣椒果色（青果色和熟果色）性状，通过DNA测序和SNP变异检测，质控得到的高质量SNP位点用于GWAS分析。结果表明：两年间辣椒果色性状表型完全一致，性状遗传稳定，其中青果色为绿的分布频率最高，达89.74%，熟果色为鲜红的分布频率最高，达60.51%;GWAS分析后共筛选出8个与辣椒果色相关的SNPs，这些位点分布在0、1、3、4号等4条染色体上；对显著SNP位点进行LD block分析并筛选候选基因，共注释到31个基因，预测呼吸爆发氧化酶同源蛋白A（Capana01g000138）、类异黄酮2′-羟化酶（Capana04g000616、Capana04g000617、Capana04g000618、Capana04g000619、Capana04g000620、Capana04g000621和Capana04g000622）和F-box-like/WD重复类蛋白TBL1Y（Capana04g000624）可能与辣椒果色相关。这些结果将为开展辣椒果色相关分子辅助育种提供参考依据。