基于IBS算法预测亲缘关系准确性研究

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作   者：

管珊珊;  张文杰;  魏以梁;  李鹰翔;  赵雯婷;  范虹;  刘京; 

作者机构：

江苏师范大学;  公安部天津消防研究所;  陕西师范大学计算机科学学院;  安澜智能(深圳)有限公司;  公安部物证鉴定中心; 

关键词：

法医系谱推断;  单核苷酸多态性;  法医遗传学;  亲缘关系等级;  IBS算法;  状态一致性; 

期刊名称：

生物化学与生物物理进展

i s s n：

1000-3282

年卷期：

2022 年 49 卷 003 期

页   码：

591-599

摘   要：

目的 评估基于状态一致性(identity-by-state,IBS)算法预测个体间亲缘关系的准确性.方法 采用Illumina GSA芯片对253份样本进行全基因组检测,基于高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据计算两两个体间IBS共享统计量预测亲缘关系.通过不同条件参数筛选SNP,评估位点数对算法预测准确性的影响.结果 1~4级亲缘关系预测准确率高达99%,预测误差在1级以内且无假阳性.SNP数量减少对预测准确率无显著影响,即使在较低密度的SNP标记中,该算法也能获得较高的准确率.结论 IBS算法是法医系谱推断的有效方法,且对于微量降解的法医现场检材具有很好的应用价值.