新型冠状病毒Alpha变异株实验室检测研究

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作   者：

龚甜;  余福平;  李健雄;  施勇;  刘师文;  肖芳;  熊火梅;  肖大瑾;  刘晓庆;  张艳妮;  徐刚;  周珺;  冉鑫;  王倩;  熊英; 

作者机构：

江西省疾病预防控制中心;  九江市疾病预防控制中心; 

关键词：

血浆;  新型冠状病毒;  Alpha变异株;  尿沉渣;  纳米孔测序技术; 

期刊名称：

现代预防医学

i s s n：

1003-8507

年卷期：

2022 年 49 卷 014 期

页   码：

2652-2655,2688

摘   要：

目的 对一例新冠肺炎境外输入病例进行实验室检测,并对新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coro-navirus 2,SARS-CoV-2)变异株进行鉴定,了解不同样本类型中新冠病毒的检出情况.方法 采集咽拭子、痰液、粪便、尿液和血液多种类型样本共13份,分别提取核酸,用荧光RT-PCR法检测SARS-CoV-2.使用纳米孔MinION Mk1C测序仪,对阳性咽拭子样本进行实时SARS-CoV-2靶向扩增全基因组测序,运用artic-ncov2019、DNAstar和Mega等软件对测定序列进行处理和分析.结果 咽拭子、痰液、粪便、血浆和尿沉渣样本中均检出SARS-CoV-2核酸,咽拭子和血浆样本在发病的前四天均能检出,尿沉渣样本在发病当天能检出.基于纳米孔测序技术,7 h即获得SARS-CoV-2全基因组数据,经分析显示为新冠病毒Alpha变异株.结论 本例境外输入新冠肺炎确诊病例的病原为SARS-CoV-2 Alpha变异株,咽拭子、血浆样本和尿沉渣样本在发病早期均能检出SARS-CoV-2核酸.