开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢转录组SNP分析

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作   者：

周明夏;  张蕾;  章敬旗;  王健; 

作者机构：

江苏农牧科技职业学院; 

关键词：

泰州鹅;  SNP;  卵巢;  转录组测序;  繁殖性能; 

期刊名称：

扬州大学学报(农业与生命科学版)

i s s n：

年卷期：

2022 年 004 期

页   码：

36-44

摘   要：

为探究泰州鹅繁殖相关差异基因SNP位点，研究开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢组织转录组水平基因表达变化。通过Illumina HiSeq2500高通量测序分析3只开产前（10周龄）和3只产蛋高峰期（40周龄）泰州鹅卵巢组织转录组表达差异；结合参考基因组对所获得的序列比对、基因注释和差异表达等分析，筛选与泰州鹅产蛋性能相关基因SNP位点；通过氨基酸序列比对，进一步筛选引起氨基酸改变的SNP位点。结果表明：共获得1 743个差异表达基因，其中上调表达基因898个，下调表达基因845个。这些差异基因在6只泰州鹅卵巢中分别检测出73 776～804 748个SNP位点，这些位点分布在内含子区域的最多，且转换类型总数（A-G和C-T）发生频率最高。结合文献报道，筛选出与繁殖性能相关的7个候选差异表达基因，包括SLIT2、GDF9、RAPGEF6、GATA3、FSHR、AMH和GGA2,这些基因在开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢组织中共检测出20个SNP位点引起了氨基酸的改变。这一研究为泰州鹅繁殖性能相关候选基因筛选提供了理论依据。