藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析

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作   者：

张晶;  文怀秀;  王卫东;  邵赟;  梅丽娟;  陶燕铎; 

作者机构：

中国科学院西北高原生物研究所中国科学院藏药研究重点实验室; 

关键词：

RNA-Seq技术;  细果角茴香;  转录组;  生物信息;  SSR标记; 

期刊名称：

分子植物育种

i s s n：

1672-416X

年卷期：

2021 年 018 期

页   码：

6105-6110

摘   要：

为探究藏药细果角茴香转录组中简单重复序列位点信息,本研究利用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台,RNA-Seq测序技术对藏药细果角茴香植株进行测序,并采用生物信息学MISA数据分析进行拼接后查找SSR位点。细果角茴香转录组测序共获得27 979个重复单元长度为2～6个碱基的微卫星重复序列,总的SSR碱基数为142 108 085 bp,平均每3.1 kb出现1个SSR位点。细果角茴香SSR中主要重复单元类型为三碱基,占SSR总数的68.34%,在统计的213种重复类型中（AAG/CTT）n所占比例最高为（7 773,27.78%）,其次是（AG/CT）n（4 735, 16.92%）和（ATC/ATG）n（2 420, 8.65%）,藏药细果角茴香转录组中SSR位点分布频率较高,重复单元类型丰富。研究首次基于细果角茴香转录组高通量测序数据开发了SSR分子标记,为细果角茴香遗传连锁图谱、DNA指纹图谱、遗传多样性评价、种植资源收集与鉴定和分子标记辅助育种等工作提供了科学基础。