瓯江高体鳑鲏线粒体基因组测序及结构特征分析

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作   者：

刘凯;  冯晓宇;  吴燕琴;  储忝江;  谢楠; 

作者机构：

杭州市农业科学研究院水产研究所;  丽水市水产技术推广总站; 

关键词：

结构特征;  线粒体基因组;  高体鳑鲏;  测序; 

期刊名称：

农业生物技术学报

i s s n：

年卷期：

2021 年 006 期

页   码：

1182-1197

摘   要：

高体鳑鲏（Rhodeus ocellatus）色彩艳丽、体型优美,是一种很有市场前景的观赏鱼。对高体鳑鲏线粒体基因组（mitochondrial genome, mtGenome）进行测序和分析、探讨不同地理群体高体鳑鲏的mtGenome差异以及高体鳑鲏在鱊亚科的系统发育地位,有利于高体鳑鲏的系统发育研究。本研究通过PCR扩增、测序、软件拼接等方法获得瓯江高体鳑鲏mtGenome （GenBank No. MW007386）,长度为16 675 bp,碱基组成为A （28.98%）、G （17.09%）、C （26.51%）和T （27.42%）,包含13个蛋白编码基因（protein-coding genes, PCGs）、22个tRNAs和2个r RNAs。瓯江高体鳑鲏mtGenome与PCGs的（A+T）含量分别为56.41%和56.27%,均具有明显的AT偏好性。在22个tRNAs中,除tRNA-Ser（AGY）外均可形成典型的三叶草结构。基于BLAST的比较表明,瓯江高体鳑鲏与东江高体鳑鲏的序列一致性为83.84%,与日本高体鳑鲏的序列一致性为95.07%,与GenBank No. DQ026430的高体鳑鲏序列一致性为93.11%,与图们江兴凯鱊（Acanthorhodeus chankaensis）序列一致性为99.03%,与黑龙江兴凯鱊序列一致性为83.72%,与沅江兴凯鱊序列一致性为83.84%。另外,瓯江高体鳑鲏与图们江兴凯鱊之间的遗传距离最近,与日本高体鳑鲏遗传距离次之,与东江高体鳑鲏则较远。基于25种隶属于3个属的鱊亚科鱼类mtGenome构建的系统进化树分析表明,瓯江高体鳑鲏与图们江兴凯鱊亲缘关系较近,而与东江高体鳑鲏亲缘关系较远。本研究为瓯江高体鳑鲏的遗传多样性保护与育种提供了参考依据。