多刺绿绒蒿WD40基因家族的鉴定及生物信息学分析

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作   者：

任玉玲;  赵艳;  赵成周;  李萍; 

作者机构：

青海大学 生态环境工程学院;  青海大学 藏医学院/青海大学藏医药研究中心; 

关键词：

基因家族;  全长转录组;  WD40;  多刺绿绒蒿;  生物信息学分析; 

期刊名称：

广西植物

i s s n：

1000-3142

年卷期：

2022 年 42 卷 009 期

页   码：

1561-1571

摘   要：

WD40转录因子家族广泛参与调节植物生长、发育、次生代谢物积累和环境适应等过程.为了探究WD40家族在多刺绿绒蒿生长、发育和次生代谢物积累以及抗逆方面的作用,该研究基于全长转录组测序数据,鉴定了多刺绿绒蒿WD40基因家族成员,并对这些基因及其编码的蛋白进行了生物信息学分析.结果表明:(1)共鉴定到19个WD40基因,编码的蛋白均具有WD40结构域,氨基酸数目为109~758 aa,分子量介于11830~84130 Da之间,预测大多数蛋白定位在细胞核中且都为亲水性蛋白;(2)系统进化树分析表明多刺绿绒蒿与罂粟、博落回亲缘关系较近;(3)WD40基因启动子区域均存在数量不等的激素或逆境响应元件,表明该家族基因可能参与植物生长、发育和次生代谢物积累等多种生物学进程的调节;(4)蛋白三级结构显示这些蛋白在进化过程中发生了不同程度的进化.这些结果可为深入研究多刺绿绒蒿WD40基因家族在其响应逆境胁迫和次生代谢物积累等方面的具体机制提供前期基础.