基于双竞争挂锁探针改进RNA SNP检测特异性的方法(英文)

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作   者：

张琴琴;  李金泽;  张威;  李传宇;  张芷齐;  姚佳;  杜鸿;  周连群;  郭振; 

作者机构：

苏州大学第二附属医院临床检验科;  中国科学技术大学生物医学工程学院(苏州); 

关键词：

RNA;  基因分型;  单核苷酸多态性;  双挂锁探针;  滚环扩增; 

期刊名称：

生物化学与生物物理进展

i s s n：

1000-3282

年卷期：

2024 年 51 卷 011 期

页   码：

3021-3033

摘   要：

目的 RNA的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）与多种疾病和药物反应相关的蛋白质表达有关，因此对其检测具有重要意义。目前，splint R连接酶辅助方法是RNA直接检测的重要方法，但当连接酶的保真度不理想时，该方法的特异性将受到限制。本研究的目的是创建一种提高splint R连接酶检测RNA特异性的方法。方法 本研究提出了一种双竞争挂锁探针（dual-competitive-padlock-probe,DCPLP）检测方法，不需要额外的酶或反应，可提高splint R连接酶的特异性。为了验证该方法，采用双竞争挂锁探针介导的滚环扩增（rolling circle amplification,RCA）对CYP2C9基因进行RNA SNP基因分型。结果 通过双挂锁探针的竞争和链替换，SNP检测的特异性得到了很好的提高，非特异性信号降低了83.26%。通过引入合成RNA样品，实现了10 pmol/L～1 nmol/L的动态检测范围。并将临床样本应用于该方法进行性能评价，结果与q PCR方法的基因分型结果一致。结论 本研究成功建立了一种高特异性的RNA SNP直接检测方法，为准确鉴定各类RNA提供了新的途径。