基于生物信息学分析在胃癌发生发展及预后中的关键基因

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作   者：

林思慧;  孙达龙; 

作者机构：

复旦大学附属中山医院厦门医院消化科; 

关键词：

NRP1;  生物信息学;  差异表达;  NT5E;  生存时间;  SERPINE1;  胃肿瘤;  RAI14; 

期刊名称：

中国肿瘤临床与康复

基金项目：

TGF-β1/Smad3通路调控的miR-21/29选择性表达在放射诱导的颌骨组织纤维化中的作用研究

i s s n：

1005-8664

年卷期：

2020 年 27 卷 012 期

页   码：

1409-1414

摘   要：

目的 探讨基于肿瘤研究公共数据库TCGA和GTEx分析在胃癌中异常表达且与预后相关的基因.方法 使用GEPIA生物信息学分析平台,对肿瘤研究公共数据库TCGA及基因型-组织表达数据库GTEx中胃癌及正常黏膜组织的关键差异mRNA进行分析,使用FUNRICH软件进行基因本体富集分析和通路分析,并筛选胃癌中异常表达并与预后相关的基因.结果 共筛选到4 644个差异基因,包括3 746个上调基因,898个下调基因.上调表达前十位基因包括CEACAM5、CEACAM6、RNU11、CLDN3、CST1、OLFM4、REG4、MUC3A、MUC13和CLDN4,下调表达前十位基因包括GKN2、ATP4A、ATP4B、PGC、GIF、GKN1、LIPF、PGA5、PGA4和PGA3.与胃癌预后总生存时间最相关的100个基因中 COL4A5、NT5E、ABCA8、MAGED4B、FABP4、CLRN3、ZNF662、PLCXD3、PDK4、NRP1、RAI14、SLC52A3、DPP3及SERPINE1等14个基因显著差异表达.其中SERPINE1、NT5E、NRP1和RAI14在胃癌中高表达,且生存分析提示,高表达与患者不良预后相关.结论 SERPINE1、NT5E、NRP1和RAI14在胃癌中高表达且与预后不良密切相关,具有成为胃癌诊断的生物标记物或治疗靶点的潜力.