'德钦'紫花苜蓿叶绿体基因组序列及特征分析

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作   者：

孙志轩;  敖平星;  毕玉芬;  赵雁; 

作者机构：

云南农业大学园林园艺学院;  云南农业大学动物科学技术学院; 

关键词：

‘德钦’紫花苜蓿;  系统发育分析;  叶绿体基因组;  高通量测序;  特征分析; 

期刊名称：

草地学报

i s s n：

1007-0435

年卷期：

2022 年 002 期

页   码：

320-328

摘   要：

‘德钦’紫花苜蓿（Medicago sativa L.‘Deqin’,以下简称‘德钦’苜蓿）是一种优良的地方品种，具有特异耐旱性、耐热性和耐酸铝性。本研究利用Illumina第二代高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行测序（NCBI登录号：MN218692）,并对其结构及特征进行分析。结果显示：‘德钦’苜蓿叶绿体基因组含有一个反向重复区，属于IR缺失型；总长为125 470 bp,共有110个基因，其中蛋白质编码基因76个、tRNA 30个和rRNA 4个，缺失3个基因（rps16,rpl22和infA）,总GC含量为33.9%;相对同义密码子使用度显示，‘德钦’苜蓿70.74%的密码子使用度>1,偏好以A和T结尾；共鉴定出115个SSRs位点，其中clpP基因鉴定出与紫花苜蓿不同SSRs位点；最大似然树结果显示‘德钦’苜蓿与紫花苜蓿聚在一起，支持率为75%。研究结果将对苜蓿属叶绿体基因组工程研究及‘德钦’苜蓿特异基因的进一步鉴定利用提供一定的参考价值。