艾氏蛇鳗线粒体基因组全序列结构分析和系统发育关系探讨

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作   者：

宁子君;  刘玉萍;  张书飞;  高天翔;  杨天燕; 

作者机构：

浙江海洋大学水产学院;  中国水产科学研究院南海水产研究所广东省渔业生态环境重点实验室; 

关键词：

线粒体基因组;  系统发育分析;  高通量测序;  艾氏蛇鳗; 

期刊名称：

中国水产科学

i s s n：

1005-8737

年卷期：

2022 年 009 期

页   码：

1264-1276

摘   要：

本研究采用高通量测序技术获得了艾氏蛇鳗（Ophichthusevermanni）线粒体基因组全序列,并对其结构和特征进行了分析。结果表明,艾氏蛇鳗线粒体基因组全长17759bp,包含了13个蛋白编码基因（PCGs）、22个转运RNA基因（tRNA）、2个核糖体RNA基因（rRNA）、2个控制区（D-loop）和1个轻链复制起始区（OL）。线粒体DNA全序列的碱基组成分别为A （31.27%）、G （16.19%）、C （26.22%）和T （26.32%）,其中A+T含量（57.59%）大于G+C含量（42.41%）,呈现出明显的A+T偏好性。与大多数硬骨鱼类不同,艾氏蛇鳗线粒体基因组中发生了基因重排现象,ND6基因和tRNA-Glu移到了tRNA-Thr和tRNA-Pro之间,且ND6基因上游还存在另一个高度同源的D-loop区。tRNA-Gln （Q）、tRNA-Ala （A）、tRNA-Asn （N）、tRNA-Cys （C）、tRNA-Tyr （Y）、tRNA-SerUCA（S1）、tRNA-Glu （E）、tRNA-Pro （P）和ND6 9个基因位于L链,其余基因均位于H链。除tRNA-Ser （AGC）外,其余21个tRNA均为典型的三叶草二级结构。分别采用邻接法和最大似然法,基于12个蛋白编码基因（ND6除外）构建了蛇鳗科鱼类系统发育关系树。结果显示艾氏蛇鳗与短尾蛇鳗（O.brevicaudatus）和食蟹豆齿蛇鳗（Pisodonophiscancrivorus）的亲缘关系较近,蛇鳗属是蛇鳗科鱼类中分化较晚的一个类群。研究结果丰富了蛇鳗科鱼类线粒体基因组数据库,也为该类群鱼类的系统分类研究提供了参考资料。