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基于转录组的剑麻ARF基因家族的鉴定及表达分析

作   者:
鹿志伟侯晓婉杨子平张燕梅李俊峰周文钊
作者机构:
中国热带农业科学院南亚热带作物研究所
关键词:
剑麻基因家族ARF转录组
期刊名称:
热带作物学报
i s s n:
1000-2561
年卷期:
2019 年 10 期
页   码:
1972-1978
摘   要:
生长素反应因子(Auxin Response Factors, ARFs)是植物特有的多基因转录因子家族,参与植物生长发育过程的调节。本研究基于转录组数据,通过生物信息学方法鉴定剑麻ARF基因家族成员,同时对其进行相关生物信息学分析。结果表明:在剑麻中共鉴定得到15个ARF基因,并依次命名为AhARF1~15。其编码的蛋白质含有409~1011个氨基酸,分子量约为45.17~112.13 ku,等电点为5.17~9.34。亚细胞定位预测结果显示,13个AhARFs定位于细胞核,2个AhARFs定位于叶绿体。保守结构域分析结果表明,AhARFs基因家族有8个成员同时含有B3、ARF和Aux/IAA这3个相对保守的结构域,其他成员仅含有B3和ARF这2个结构域。进化树分析表明,剑麻AhARFs蛋白可分为5个亚家族。15个剑麻AhARFs基因在剑麻紫色卷叶病不同发病时期呈现不同的表达规律。本研究为进一步深入探索剑麻ARF基因家族的功能奠定了重要理论基础。
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