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基于转录组的剑麻ARF基因家族的鉴定及表达分析
- 作 者:
-
鹿志伟;
侯晓婉;
杨子平;
张燕梅;
李俊峰;
周文钊;
- 作者机构:
-
中国热带农业科学院南亚热带作物研究所;
- 关键词:
-
剑麻;
基因家族;
ARF;
转录组;
- 期刊名称:
- 热带作物学报
- i s s n:
- 1000-2561
- 年卷期:
-
2019 年
10 期
- 页 码:
- 1972-1978
- 摘 要:
-
生长素反应因子(Auxin Response Factors, ARFs)是植物特有的多基因转录因子家族,参与植物生长发育过程的调节。本研究基于转录组数据,通过生物信息学方法鉴定剑麻ARF基因家族成员,同时对其进行相关生物信息学分析。结果表明:在剑麻中共鉴定得到15个ARF基因,并依次命名为AhARF1~15。其编码的蛋白质含有409~1011个氨基酸,分子量约为45.17~112.13 ku,等电点为5.17~9.34。亚细胞定位预测结果显示,13个AhARFs定位于细胞核,2个AhARFs定位于叶绿体。保守结构域分析结果表明,AhARFs基因家族有8个成员同时含有B3、ARF和Aux/IAA这3个相对保守的结构域,其他成员仅含有B3和ARF这2个结构域。进化树分析表明,剑麻AhARFs蛋白可分为5个亚家族。15个剑麻AhARFs基因在剑麻紫色卷叶病不同发病时期呈现不同的表达规律。本研究为进一步深入探索剑麻ARF基因家族的功能奠定了重要理论基础。
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