基于GBS技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代基因组SNP特征的分析

• 全文链接
• 请求原文

作   者：

董世武;  王天骄;  刘华淼;  王磊;  唐丽昕;  邢秀梅; 

作者机构：

中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室; 

关键词：

马鹿;  杂交鹿;  SNP;  鉴别;  GBS;  梅花鹿; 

期刊名称：

畜牧兽医学报

i s s n：

0366-6964

年卷期：

2019 年 12 期

页   码：

2422-2430

摘   要：

旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果,226个个体共产生Clean data 322.683 Gb,平均每个样品1 427.802 Mb;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点23 943 582个,质控过滤后得到SNP位点31 630个。对31 630个SNPs使用最大似然(maximum likelihood, ML)法构建的分子进化树显示,梅花鹿、马鹿、F1及F2代区分明显。对梅花鹿和马鹿的SNPs进行比对分析,筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异SNP位点1 032个(马鹿特异SNP位点474个,梅花鹿特异SNP位点558个),计算结果显示,F1代个体包含马鹿特异SNPs的比例主要在40%～60%之间,F2代个体含马鹿特异SNPs的比例主要在10%～30%之间,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,梅花鹿中55.49%的个体不含马鹿特异SNPs,17.34%的个体含马鹿特异SNPs的比例低于1%,13.29%的个体含马鹿特异SNPs的比例在1%～10%之间,其余个体含马鹿特异SNPs的比例为10%～20%(其中有一个个体含马鹿特异SNPs的比例为33.3%)。该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记,并定量估计了F1和F2代个体含马鹿特异SNPs的比例,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)的鉴别具有重要意义。