肝细胞癌患者肿瘤组织和癌旁组织中乙型肝炎病毒准种变异差异分析

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作   者：

李慧明;  刘军;  熊艳森;  饶春美;  汪玲; 

关键词：

变异;  二代测序;  肝细胞癌;  肿瘤组织;  乙型肝炎病毒; 

期刊名称：

江西医药

i s s n：

1006-2238

年卷期：

2024 年 59 卷 001 期

页   码：

1-4,8

摘   要：

目的 应用二代测序(NGS)方法,比较源于肿瘤组织(TT)和邻近非肿瘤组织(ANTT)的HBV准种基因组S区的遗传变异特征.方法 39 例HBV相关性肝癌患者纳入本研究.收集TT和ANTT配对样本,并提取HBV DNA,采用PCR方法对cccDNA定量后对HBV基因组S区进行大规模测序.以HBV C型标准株为参考序列,比对后计算突变频率.配对比较TT和ANTT中HBV的核苷酸和氨基酸的复杂度.采用基于序列特征的方法比对不同样本类型的HBV 基因组S区NGS数据,并进行主坐标分析(PCoA).比较TT和ANTT样本中HBV S基因MHR和α-决定簇中不同发生频率水平的突变分布.结果 TT组cccDNA水平明显高于配对ANTT组.在核苷酸和氨基酸水平上,ANTT样品中HBV S基因的复杂性高于TT.TT中有助于免疫逃逸的氨基酸位点,如T131N、G145R,发生频率更高(P<0.001).结论 TT与ANTT HBV S基因存在差异.肿瘤组织中HBV准种具有较低的基因组复杂性和多样性.基于我们的研究推测,HCC发展后,TT和ANTT的不同宿主细胞环境决定了HBV的独特演变.