Methods of treating one or more autoimmune disorders include a step of administering a Clostridial neurotoxin, such as a botulinum toxin, to a patient that has an autoimmune disorder. In one aspect, a method includes a step of administering the neurotoxin to the thymus gland or near the thymus gland of the patient. In another aspect, a method includes a step of administering the neurotoxin in combination with administering a cytokine inhibitor to the patient. Compositions are also described.Linvention concerne des méthodes de traitement dun ou de plusieurs troubles auto-immuns. Ces méthodes comprennent une étape consistant à administrer une neurotoxine Clostridial, telle quune toxine botulinique, à un patient souffrant dun trouble auto-immun. Dans un aspect, une méthode comprend une étape consistant à administrer la neurotoxine au thymus ou près du thymus du patient. Dans un autre aspect, une méthode consiste à administrer de manière combinée au patient la neurotoxine et un inhibiteur de la cytokine. Linvention concerne également des compositions.