The present invention generally relates to a method for manually calibrating an imaging system, such as an optical coherence tomography system. In certain aspects, the imaging system displays an image showing the target and reference items. The user checks the image and shows a point in the image near the reference item. The processor detects the actual location of the reference item within the area around the indicated point. The processor can combine the expected location of the reference item with the detected actual location, calculate a calibration value, and provide a calibrated image. In this way, the user can identify the actual location of the reference point, and the processing algorithm can provide accuracy to the actual location.本発明は、概して、光コヒーレンス断層撮影システム等の撮像システムを手動で較正するための方法に関する。ある側面では、撮像システムは、標的および基準アイテムを示す画像を表示する。ユーザは、画像を確認し、基準アイテム近傍の画像内の点を示す。プロセッサは、示された点の周囲の面積内の基準アイテムの実際の場所を検出する。プロセッサは、基準アイテムの予期される場所と検出された実際の場所を併用し、較正値を計算し、較正された画像を提供することができる。このように、ユーザは、基準点の実際の場所を識別することができ、処理アルゴリズムは、精度を実際の場所に与えることができる。