The present invention relates to a method of fermenting a fermented soybean with a mixture of Aspergillus oryzae and two species of Bacillus licheniformis , Meju produced by the above production method, and food made from the above Meju, in the case of Meju according to the present invention, not only the protease activity is high but also the amino nitrogen content which can enhance the characteristic flavor of Meju It is possible to increase the preference of the consumers, and furthermore, it can be usefully used for the food development using them.본 발명은 증자된 대두에 아스퍼질러스 오리재(Aspergillus oryzae) 및 2종의 바실러스 리케니포미스(Bacillus licheniformis)의 혼합균주를 접종하여 성형하고 발효한 후, 저온숙성하는 단계를 포함하는 메주의 제조 방법, 상기 제조 방법으로 제조된 메주 및 상기 메주로 제조된 식품에 관한 것으로, 본 발명에 따른 메주의 경우, 프로테아제 활성이 높을 뿐만 아니라, 메주의 특유의 향미를 증진할 수 있는 아미노태 질소 함량이 증가되므로 소비자의 선호도를 증진시킬 수 있고, 나아가 이를 이용한 식품 개발에 유용하게 사용될 수 있다.