The present invention relates to a composition for preventing or treating a disease caused by an autopoietic disorder in mitochondria comprising an S6K1 gene expression inhibitor or an S6K1 protein activity inhibitor as an active ingredient. The composition according to the present invention has an excellent effect of controlling autophagy in mitochondria and has the effect of ameliorating or treating diseases caused thereby, such as cervical cancer, lung cancer, stomach cancer and the like, , Health functional foods, and the like.본 발명은 S6K1 유전자 발현 억제제 또는 S6K1 단백질 활성 억제제를 유효성분으로 포함하는 미토콘드리아 내 자가포식 장애로 발생하는 질병의 예방 또는 치료용 조성물에 관한 것이다. 본 발명에 따른 조성물은 미토콘드리아 내 자가포식(autophagy)을 조절하는 우수한 효과를 가지고 있는바, 이로 인해 발생되는 질병, 즉 자궁경부암, 폐암, 위암 등을 개선 또는 치료하는 효과를 가지고 있으며, 이에 따라 약품, 건강기능식품 등으로 다양하게 활용될 수 있다.