The present invention relates to a system for facilitating transdermal delivery of oligosaccharides comprising an apparatus that generates micro-channels in the skin of a subject and a skin patch comprising a pharmaceutical composition comprising as an active agent an oligosaccharide. Particularly, the composition comprises an oligosaccharide of 5-20 monosaccharide units, such as a pentasaccharide, which exerts anticoagulant activity. The system is capable of delivering the oligosaccharides into the blood circulation for treating thromboembolic diseases.La présente invention concerne un système facilitant la libération transdermique d’oligosaccharides. Le système comprend un appareil qui génère des microcanaux dans la peau d’un sujet, et un timbre cutané comprenant une composition pharmaceutique incluant, en tant qu’agent actif, un oligosaccharide. En particulier, la composition comprend un oligosaccharide comportant 5 à 20 unités de monosaccharide, tel quun pentasaccharide, qui a un effet anticoagulant. Le système permet de libérer les oligosaccharides dans le flux sanguin pour traiter les maladies thrombo-emboliques.