The invention provides methods and compositions for treating various autoimmune diseases (such as systemic lupus erythematousu) with an interferon inhibitor (such as an anti-intereron-alpha monoclonal antibody). More specifically, the invention provides a method of diagnosing, monitoring and adjusting the treatment of such a patient by way of an interferon signature metric (interferon response gene measurement value), a certain anti-dsDNA antibody titre or being ENA- (levels of extractable nuclear antigens lower than a healthy level). Furthermore, the invention provides articles of manufacture associated with such a diagnosis.La présente invention concerne des méthodes et des compositions de traitement de diverses maladies auto-immunes (par exemple le lupus érythémateux systémique) avec un inhibiteur d'interféron (par exemple un anticorps monoclonal anti-interféron alpha). Plus spécifiquement, l'invention concerne une méthode de diagnostic, de surveillance et d'ajustement du traitement d'un tel patient, faisant appel à une métrique de signature d'interféron (valeur de mesure de gène de réponse à l'interféron), un certain titre d'anticorps anti-ADNds ou un ENA- (taux d'antigènes nucléaires extractibles inférieurs à un taux sain). L'invention concerne en outre des articles manufacturés associés à un tel diagnostic.