本发明提供了水稻抗褐飞虱主效基因qBph4(t)的分子标记及其应用。本发明通过将水稻抗虫品种ARC5984(♂)与9311(♀)杂交获得的F2各单株的基因型,同时结合F2:3家系的抗褐飞虱的抗性级别进行遗传连锁分析,鉴定出抗虫品种ARC5984携带的抗性主效基因qBph4(t)并定位于分子标记RM5635 and RM5742之间6cM的区间,并与分子标记RM5635紧密连锁。与该基因连锁的分子标记还有RM5757。本发明中的分子标记可以有效检测抗虫品种ARC5984及其衍生品种中是否含有该主效抗性基因位点,大大提高抗褐飞虱水稻植株的选择效率,获得含有qBph4(t)的抗褐飞虱水稻品种。