本发明涉及玉米穗长基因ZmEL1,启动子,与之连锁的分子标记,及其在筛选穗长性状和培育长穗品种中的应用,属于分子遗传学领域。本发明公开了玉米穗长基因ZmEL1,其特征在于所述基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.2‑SEQ ID NO.3任意一个所示;所编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。同时,本发明还公开了一个启动子序列(SEQ ID NO.4‑SEQ ID NO.7)以及与其紧密连锁的分子标记S2、S3、S4以及该标记的检测引物对(SEQ ID NO.8‑SEQ ID NO.16)和检测方法。进一步地,本发明提供了利用分子标记筛选玉米穗长性状和增加玉米穗长的方法。