The present invention relates to a pharmaceutical composition for preventing or treating erectile dysfunction, which comprises stem cells obtained through a subfractionation culturing method.Clonal BMSCs using the SCM formed according to the present invention significantly improve the erectile function by increasing the content of endothelial cells and spongy smooth muscle of the penis and increasing the content of nNOS and nerve fibers of the penis, It can be used as an erectile dysfunction treatment.층분리 배양법 (subfractionation culturing method)을 통하여 수득한 줄기세포를 포함하는, 발기부전 예방 또는 치료용 약학적 조성물에 관한 것이다.본 발명에 따라 형성된 SCM를 이용한 클로날 BMSCs은 음경의 내피세포 및 해면 평활근의 함량을 증가시키고, 음경의 nNOS 및 신경미세섬유의 함량을 증가시킴으로써, 발기능력을 유의적으로 회복시키는 바, 매우 효과적인 발기부전 치료제로 활용될 수 있다.