本发明公开了一种甲基营养型芽孢杆菌YB-F7及其在防治植物病害中的应用。本发明YB-F7菌株保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心,保藏编号为CGMCC NO.10834;该菌株的核苷酸序列为SEQ ID NO.1。本发明所筛选分离出的甲基营养型芽孢杆菌YB-F7是一株对小麦全蚀病菌、小麦纹枯病和小麦赤霉病菌土传病害具有较强抑制的微生物菌剂,本发明YB-F7菌剂可作为作物播种期或病害始发期施用,采用发酵制剂与种子拌种或用水稀释后通过灌根施入作物根际或喷雾施用;可以与对本生防菌株无副作用的其它杀菌剂、植物调节剂混合使用,调节土壤微生物菌群,控制小麦土传病害达到生态高效的目的。