The present invention relates to a medical device diagnosis apparatus to diagnose incorrect operation of a medical device, and a control method thereof. According to the present invention, the apparatus comprises: a communication unit connected to the medical device to be diagnosed to receive data and a control unit to select one of a plurality of configurations of the medical device to be diagnosed based on the received data, and to calculate a difference value between input/output data of the selected configuration and input/output data corresponding to the selected configuration among reference data. When the calculated difference value exceeds a preset value, the control unit determines the selected configuration as an abnormal state. When the calculated difference value is equal to or smaller than the preset value, the control unit selects another configuration among the configurations of the medical device to be diagnosed to calculate a difference value of input/output data.COPYRIGHT KIPO 2016의료기기 진단 장치 및 의료기기 진단 장치의 제어 방법에 대한 것으로 의료기기 진단 장치는 피진단 의료기기와 연결되어 데이터를 수신하는 통신부 및 수신한 데이터에 기초해 피진단 의료기기의 복수의 구성 중 하나를 선택하고, 선택된 구성의 입출력 데이터와, 참조 데이터 중 선택된 구성에 대응되는 입출력 데이터의 차이값을 산출하고, 산출한 차이값이 미리 설정된 값을 초과하는 경우 선택된 구성을 비정상으로 판단하고, 비교한 입출력이 미리 설정된 값 이하인 경우 피진단 의료기기의 복수의 구성 중 다른 구성을 선택하여 입출력 데이터의 차이값을 산출하는 제어부를 포함할 수 있다.