本发明涉及一种高活性凝血因子IX突变体、重组蛋白与融合蛋白的制备与应用,突变体核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。制备方法包括如下步骤:(1)将凝血因子IX基因连入载体中,得到重组载体;(2)将上述重组载体转化宿主细胞,得到表达突变凝血因子IX蛋白细胞克隆;(3)于无血清培养基中连续灌流培养上述细胞克隆,诱导重组高活性凝血因子IX突变蛋白的表达;(4)分离纯化、过滤,最后灌装、冻干,即得。本发明证实了IX突变Arg384Gln确实导致凝血因子IX活性升高,而且没有导致除凝血机制异常之外的其他危害,对人体是安全的,打破了现有研究的技术偏见,具有很好的基因治疗和替代治疗前景。