本发明公开了一种猪瘟‑猪圆环二联亚单位的疫苗及其制备方法和应用,属于动物疫苗与兽用生物制品技术领域。所述疫苗包含猪瘟病毒E2蛋白和猪圆环病毒2型Cap蛋白以及药学上可以接受的佐剂。制备该疫苗的方法包括以下步骤:1)制备猪瘟病毒E2蛋白和猪圆环病毒2型Cap蛋白;2)将1)中制备的猪瘟病毒E2蛋白和猪圆环病毒2型Cap蛋白制备成抗原液;3)将抗原液与Montanide GEL 01PR佐剂按照质量比10:1混合搅拌。本发明的疫苗具有免疫原性强、安全性好、不存在免疫干扰、不会导致病毒变易的生物安全隐患、能够从根本上净化猪瘟病毒和猪圆环病毒2型等优点;且通过该疫苗进行免疫接种,能够达到“一针两防”的效果,省时、省力、节约成本。