The endoscope system includes a plurality of types of endoscopes, a signal processing device that performs image processing on output signals of imaging elements mounted on the connected endoscope, peripheral devices connected to the signal processing device , An endoscope type detection unit that detects the type of the endoscope connected to the signal processing device, and a plurality of functions in the endoscope system including the signal processing device, the connected endoscope, and the peripheral device And a function setting unit, wherein the function setting unit automatically sets a plurality of functions to an appropriate setting state according to the type of the endoscope in which the connection is detected.内視鏡システムは、複数の種別の内視鏡と、接続された内視鏡に搭載された撮像素子の出力信号に対する映像処理を行う信号処理装置と、信号処理装置に接続される周辺機器と、信号処理装置に接続された内視鏡の種別を検知する内視鏡種別検知部と、信号処理装置、接続された内視鏡及び周辺機器を含む内視鏡システムにおける複数の機能を設定する機能設定部と、を備え、機能設定部は、接続が検知された内視鏡の種別に応じて複数の機能をそれぞれ適切な設定状態への設定を自動的に行う。