本发明公开了一种特异性检测转基因大豆GTS 40‑3‑2的标准质粒分子,是以SEQ ID NO.1所示的大豆内源标准基因Lectin序列片段、SEQ ID NO.2所示的转基因大豆GTS 40‑3‑2结构和品系特异性序列35S‑CTP4,以及作为调控元件的部分CaMV35S启动子序列和部分NOS终止子序列作为外源序列,构建到pEASY‑T1质粒载体中形成的人工重组质粒分子pEASY‑T1‑GTS 40‑3‑2。本发明构建的标准质粒分子可以完全替代转基因大豆GTS 40‑3‑2阳性标准品,对转基因大豆GTS 40‑3‑2进行特异性核酸定性和定量检测,并可用于转基因调控元件CaMV35S和NOS序列片段的筛查。