本发明提供一种同时表达H5N1亚型禽流感同义血凝素蛋白和同义神经氨酸酶蛋白的重组表达载体,其中所述同义血凝素蛋白的氨基酸序列为SEQ ID NO:1,所述同义神经氨酸酶蛋白的氨基酸序列为SEQ ID NO:2,所述重组表达载体通过将编码SEQ ID NO:1的核苷酸序列和编码SEQ ID NO:2的核苷酸序列插入到同一个表达载体中构建而成。本发明提供包含有效量的上述重组表达载体的DNA疫苗,所述疫苗可以有效预防和/或治疗H5亚型禽流感病毒的感染。本发明同时涉及所述蛋白或其编码核苷酸序列作为H5亚型流感灭活疫苗以及其他基因工程疫苗的免疫原基因的应用。