本发明公开了一种鉴别分枝虫草的特征性核苷酸序列、核酸分子探针、试剂盒和方法。该特征性核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。该核酸分子探针为FZF:5`-AGCGGTGGGCGAATGA-3`和FZR:5`-ACTTTAGCTGCGGGCG-3`。其鉴别方法是以分枝虫草的ITS rDNA序列基因为模板,以上述核酸分子探针FZF和FZR为PCR引物,按照常规PCR方法进行鉴定。经实验发现,仅分枝虫草能够扩增到特异性片段,而其他虫草样品,如冬虫夏草、蛹虫草、广东虫草、和蝉花都没有扩增到任何片段,这表明本发明的核酸分子探针FZF和FZR具有极高的专一性,无需测序步骤,可以用于快速的鉴别分枝虫草(菌丝体和子实体)的真伪。