本发明提供一种水稻MIT1基因及其编码的蛋白，其核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，其蛋白序列如SEQ ID No.1所示。该基因在多个组织中表达，且MIT1蛋白定位在叶绿体中。实验证明MIT1具有抑制水稻分枝的功能。本发明还提供了MIT1基因的突变基因，其是在MIT1基因第二内含子和第三外显子交界处发生10bp的缺失，包括第二内含子3’末端的2个碱基ag和第三外显子5’端的8个碱基GTCTACTT，该突变基因使水稻表现为株高变矮、分蘖中度增多，且突变体产量较野生型有所提高，有望作为株型育种材料。本发明提供的水稻MIT1基因及其突变体在水稻种质资源的遗传改良育种中作用重大。
