The system for corneal treatment includes a light source that activates cross-linking within at least one selected region of the cornea treated with a cross-linking agent. The light source transmits the photo-activated light to at least one selected region of the cornea according to the set of parameters. The system includes a controller that receives input associated with the set of cross-linkers and parameters. The controller includes a computer-readable storage medium having stored thereon: (A) a program for determining cross-coupling resulting from a reaction comprising at least a peroxide, a superoxide, and a hydroxyl radical containing ROS And (B) a program command for determining cross-coupling from a reaction that does not include oxygen. The controller executes a program command to output a calculated amount of cross-coupling in at least one selected region of the cornea. In response to the calculated amount of cross-coupling, the light source adjusts at least one value in the set of parameters.각막 처리를 위한 시스템은 교차-결합제로 처리된 각막의 적어도 하나의 선택된 영역 내의 교차-결합을 활성화시키는 광원을 포함한다. 광원은 매개변수의 세트에 따라서 각막의 적어도 하나의 선택된 영역으로 광활성화 광을 전달한다. 시스템은, 교차-결합제 및 매개변수의 세트와 관련된 입력을 수신하는 제어기를 포함한다. 제어기는 컴퓨터-판독 가능 저장 매체를 포함하고, 그러한 컴퓨터-판독 가능 저장 매체는: (A) 적어도 과산화물, 초산화물 및 히드록실 라디칼을 포함하는 ROS를 포함하는 반응으로부터 초래되는 교차-결합을 결정하기 위한 프로그램 명령, 및 (B) 산소를 포함하지 않는 반응으로부터의 교차-결합을 결정하기 위한 프로그램 명령을 저장한다. 제어기는, 각막의 적어도 하나의 선택된 영역 내의 교차-결합의 계산된 양을 출력하기 위해서 프로그램 명령을 실행한다. 교차-결합의 계산된 양에 응답하여, 광원은 매개변수의 세트 내의 적어도 하나의 값을 조정한다.