本发明属于植物基因工程领域。公开了一种控制水稻胚乳蛋白质含量的主效基因qpc1及其等位基因的应用，该主效基因的序列如SEQ ID NO：1所示，其等位基因的序列如SEQ ID NO：2所示。预测了该蛋白质为氨基酸跨膜转运蛋白，具有PF01490保守结构域。通过比较测序，发现在9.9kb范围内两个品种间存在23个共同的碱基差异，其中15个突变位于启动子区，7个位于第一内含子区域，1个突变位于编码区，但并没有改变编码的氨基酸序列。利用转基因获得了转qpc1基因的水稻植株，超表达和互补转化的转基因植株都表现出比对照种子蛋白质含量显著提高，而在RNAi抑制表达的转基因植株中都表现出比对照种子蛋白质含量显著降低。
