The present invention includes a citron fruit juice, liquid fructose, maltooligosaccharide and water, and forming a first mixture having a sugar content of 25 to 30 brix; Adding an edible alkali compound to the first mixture to form a second mixture having a pH of 4.0 to 5.0; Forming a third mixture comprising the second mixture and vegetable lactic acid bacteria; And fermenting the third mixture, followed by filtration and concentration to form a fermented milk resource solution.본 발명은 유자과즙, 액상과당, 말토올리고당 및 물을 포함하고, 당도가 25~30브릭스(brix)인 제 1 혼합물을 형성하는 단계; 상기 제 1 혼합물에 식용 알칼리 화합물을 가하여, pH가 4.0~5.0인 제 2 혼합물을 형성하는 단계; 상기 제 2 혼합물과 식물성 유산균을 포함하는 제 3 혼합물을 형성하는 단계; 및 상기 제 3 혼합물을 발효시킨 후 여과 및 농축하여 발효유자원액을 형성하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 발효유자원액의 제조방법에 관한 것이다.