本发明提供了一组抗虫转基因棉花MON531转化体PCR检测的引物和探针及其应用,所述的特异性引物,正、反向引物序列是:MON531-qF:5'-ATAAAAGTATATGCGACAAAACGCG-3',MON531-qR:5'-CTCACGTTTGTCCCTCCACTTC-3',其探针序列是:MON531-qP:5'-FAM-ACCAATGCCACCCCACTGACCCA-TAMRA-3'。利用本发明的特异性引物和探针,建立了转基因棉花MON531SYBR Green I实时荧光PCR检测方法和TaqMan探针实时荧光PCR检测方法。这2种检测方法灵敏、简单、可靠,具有广阔的应用价值与市场前景。