本发明提供了一种新型虾夷马粪海胆抗菌肽Strongylocin2基因,该基因的序列为SEQ ID NO:1,编码的蛋白为SEQ ID NO:2,本发明提供的基因与免疫抗病相关,其表达量与病原菌刺激相关,其体外重组表达的蛋白能够明显抑制革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的增殖,本发明提供了一种新型的抗菌肽基因Strongylocin2,具有重要用途的基因Strongylocin2基因序列及由含有虾夷马粪海胆抗菌肽基因Strongylocin2完整基因序列,及由该基因构建的重组表达载体pEASY‑E1‑Strongylocin2;还提供了一种可生产该类肽的工程菌株;还提供了一种虾夷马粪海胆抗菌肽Strongylocin2肽的制备和纯化方法。因此,在虾夷马粪海胆病害防治、饲料添加剂及杀菌剂等方面有应用价值。